まず「紛失時の再発行に時間がかかる」というデメリットが挙げられます。

　具体的な再発行の手順として、マイナ免許証を紛失すると市町村役場でマイナンバーカードの再発行を受けます。

　その後、警察でマイナンバーカードのICチップに免許情報を記録する手続きが必要になります。

　しかし、マイナンバーカードの再発行には自治体により異なりますが、1週間から数ヶ月かかることから、マイナ免許証のみの場合は、手続きが完了するまで運転ができない可能性も。なお従来の運転免許証は基本的に即日再発行が可能となっています。

　またマイナ免許証の券面には免許情報が記載されないため、それぞれの有効期限や、運転区分の確認がすぐにできないことや、カーシェアリングサービスを利用できなくなる恐れも、デメリットとして挙げられます。

　一応、2025年3月12日からスマートフォンやパソコンなどで利用できる「マイナ免許証読み取りアプリ」が登場しており、このアプリを使うことで、免許情報を確認することは可能です。

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　また、ユーザーからは「マイナ免許証を持ったドライバーの交通取り締まりをどのようにおこなうのか」との疑問も寄せられています。

　これに関し警察庁の担当者は「警察官がマイナ免許証の提示を受けたときは、すでに配備されている携帯端末を用いて免許情報を読み取ることとしています。その際には、免許保有者が暗証番号を失念していたために警察官が免許情報を確認できないといった事態が生じないよう、国民向けのマイナ免許証読み取りアプリで読み取る場合とは異なり、暗証番号の入力は不要とすることを想定しています」と説明しています。