ヤリスクロスは、単純なグレード差以外に駆動方式やパワートレインによっても仕様が異なります。

　ヤリスクロスの2WDと4WDでは、リアサスペンションが異なり2WD仕様はトーションビーム式の半独立式を、4WD仕様はダブルウイッシュボーン式の独立式を採用しています。

　また、前述の通り4WDシステムがガソリン車とハイブリッド車で異なり、具体的にはガソリン車は、前2輪駆動を基本としており、エンジンパワーの一部を後輪に配分する方式です。

　配分の仕方は、3種類のモードのなかからドライバーがダイヤルスイッチで選択できます。

　1つ目は舗装路を中心とした「NORMAL」、2つ目は滑りやすい道や砂利道に適した配分になる「MUD＆SNOW」、3つ目は路面の凹凸で車輪が浮くような場面でも接地している車輪にエンジンパワーが伝達される「ROCK&DIRT」です。

　さらに、ダイヤルスイッチとは別に「SNOW」スイッチがあります。スイッチ操作時にはアクセル操作に対するエンジンパワーの出方が調整され、スリップを抑制します。

　一方、ハイブリッド車は後輪側にも前輪側とは別のモーターを装着、最高出力5.3馬力を発揮して、走行状態に応じて後輪モーターを作動させる仕組みのE-Fourを設定しており、こちらもダイヤルスイッチで3つのモードが選択可能です。

　モードはガソリン車とやや異なり、1つ目は発車時や前輪がスリップした時に後輪モーターを作動させる「NORMAL」、2つ目は前輪や後輪が空転した際に、空転した車輪にだけブレーキを作動させて空転を防ぐ「TRAIL」、3つ目はエンジン車の「SNOW」スイッチに相当するモードの「SNOW」です。

　さらにハイブリッド車の場合には、車体の前後の揺れを感知して駆動用モーターで揺れを抑制する、「ばね上制振制御」機能と、AC100V、1500Wの電力を取り出せるアクセサリーコンセントがありガソリン満タン時で、約5日間電力を供給できます。

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　最後にXグレードとZグレードの価格は、Xグレードのガソリン車が189万6000円（2WD）と212万7000円（4WD）、ハイブリッド車が228万4000円（2WD）と251万5000円（E-Four）。

　一方、Zグレードのガソリン車が221万円（2WD）と244万1000円（4WD）、ハイブリッド車が258万4000円（2WD）と281万5000円（E-Four）と異なっています。